在近未来，西太平洋上突然出现了超巨大停滞性台风『グランドロア』。因为它的出现，世界的气候发生了巨大的变化。受它的影响，世界各地的海平面上升，海流、气候发生严重的变动，以亚洲为中心，给世界各地带来了巨大的灾害。这场自然给人们带来的灾害被后人们称为『ケース·オメガ』，他所带来的巨大伤痕永久的记录在了历史中。『グランドロア』发生后50年，人类血汗的努力终于有了成果，海洋航线的重要性再次被人们所认识到、并迎来了第2次大航海时代。但是，暗中活动的现代化恐怖组织『海贼』们并不希望人们对海洋的发展。为了消除『海贼』的威胁，民间企业组建起了武装自卫机构。本片所讲述的，就是在这样的一个世界中，因为『海贼』的威胁、立志成为民间所属护卫舰的乘员的少女们的故事。