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清水茜による人気漫画をアニメ化し、擬人化された細胞たちが人間の体を健康に保つため奮闘する姿を描く「はたらく細胞」のテレビシリーズ第2期の特別先行上映版。2021年1月から放送のテレビシリーズ第2期で描かれる、原作コミックス第5巻のエピソードを上映。たくさんの細胞たちが働く人間の体の中。ある時、白血球（好中球）と赤血球は、迷子の乳酸菌を保護した一般細胞と出会う。乳酸菌を仲間のもとに送り届けるため、白血球（好中球）と一般細胞は腸へと向かうが、そこでは最強の敵であるがん細胞が待ち受けていた。がん細胞と悪玉菌により腸内環境は荒らされ、体内はかつてないピンチに陥る。声の出演は、赤血球役の花澤香菜、白血球（好中球）役の前野智昭ら。